Category Archives: APB

APB 6 – Workflow management software in bioinformatics – from Kepler to Galaxy

Dziś na wykładzie (online – link podam na rocket chat i usos-mail) będziemy mówić o rozwiązaniach do zarządzania przepływami pracy (ang. workflows). Jest to niejako kontynuacja poprzedniego wykładu o LIMS i reproducible research. slajdy są tu: wyk6-workflows

Na ostatnim laboratorium otrzymałem od wszystkich zespołów opisy projektów. Na dzisiejszym laboratorium będziemy znowu robić konsultacje nt. harmonogramów prac zespołów i podziału zadań. Wg poprzedniego harmonogramu, mieliśmy mieć teraz 3 tygodnie do ustalenia już konkretnego planu działań, ale biorąc pod uwagę, że mamy nieco inne warunki i kontakt zarówno wewnatrz zespołów, jak i między mną a Państwem jest nieco utrudniony to proponuję taki plan działań (jak zwykle – to jest program minimum – zachęcam do działania z wyprzedzeniem):

  • 15 IV - zgrubny podział zadań i ramowy harmonogram (wyznaczenie modułów do wykonania przez poszczególne osoby i ram czasowych głównych zadań tzw. kroków milowych – działające moduły, integracja modułów, dokumentacja i tutoriale)
  • 29 IV – szczegółowy opis funkcjonalności do stworzenia przez poszczególne osoby (tu już nie tylko moduły, ale i funkcje i ich wejścia wyjścia, zdefiniowanie punktów integracji tj. gdzie muszą się Państwo w swoich modułach trzymać ściśle specyfikacji, a gdzie mogą Państwo jeszcze zmieniać implementację swobodnie)
  • 13 V - prezentacja początkowych implementacji, dyskusja decyzji projektowych (tutaj oczekuję, że wszystkie zespoły będą miały już założone repozytoria i jakieś zręby początkowych działających implementacji)
  • 10 VI – prezentacje projektów

Tymczasem mamy jeszcze program wykładów i prezentacji:

  • 8 IV – piątek, nie ma zajęć
  • 15 IV – Wykład
  • 22 IV -  Wykład
  • 29 IV – referaty (przeniesione z 22 IV): Kiełek (Cytoscape) i Niedźwiecki (dokowanie)
  • 6 V – referaty (przeniesione z 29 IV): Domżał (?) i Goździewska (SNP)
  • 13 V – referaty (przeniesione z 6 V): Różycka (RNA Seq) i Grynkiewicz (Synthetic lethality testing)
  • 20 V – referaty: Kuśnierz (Dynamika Molekularna?) i Kiljan (metagenomika)
  • 27 V – referaty: Solak (MSA) i Szymczak (?)
  • 3 VI – referaty: Antonowicz (?) i Poziemski (Asemblacja DNA)
  • 10 VI – prezentacje zespołowe

 

APB – zajęcia 5 – Pakiety LIMS

Na dzisiejszym wykładzie (także online, link podam przez chat wydziałowy) będziemy rozmawiać o problemach z powtarzalnymi badaniami naukowymi (w bioinformatyce, ale nie tylko) i powiemy co nieco o pakietach takich jak BASE czy Galaxy w kontekście ich roli jako rozszerzenie pakietów LIMS. Slajdy są dostępne tu: wyk5-lims

W czasie labów, znów zrobimy sobie konsultacje z zespołami (proszę o rejestrację w tym doodle ). Zakładam, że podczas dzisiejszego spotkania będziemy mogli już omawiać Państwa projekty (przesłane na mój e-mail w formie załącznika – a nie google docs, czy innej formy edytowalnej zdalnie). Oprócz komentarzy z mojej strony nt. samych projektów, będziemy już też rozmawiać o planowanym podziale zadań i harmonogramie.

APB wykład 4 – debugowanie, profilowanie, logowanie

Dziś mamy wykład zdalny. Spotykamy się o 14:15 (można będzie pewnie dołączać od 14tej) na google meet. Link wyślę do Państwa przez usosmail i rocket chat.

Spróbujemy dziś porozmawiać o debugowaniu, profilowaniu, logowaniu w pythonie na podstawie tych slajdów:wyk4-debugowanie. Jeśli starczy nam czasu, wrócimy też do tematów z poprzedniego wykładu, który się nie odbył, nt. automatycznych testów oprogramowania.

Podczas labów, chciałbym znowu porozmawiać z Państwem nt. postępów w pracy zespołowej. Proponuję, żebyśmy tym razem zrobili to także na platformie google meet, w tym samym miejscu gdzie wykład. Jeśli mają Państwo preferencje co do czasu, proszę zapisywać się (zespołowo) pod tym linkiem: https://doodle.com/poll/pp2nb3vtqnursxzb

Przypominam, że do przyszłej środy spodziewam się od każdego z zespołów opisu Państwa projektu. Zdaję sobie sprawę, że stan zagrożenia epidemiologicznego nie pomaga Państwu w pracy zespołowej, ale jestem przekonany, że mogą Państwo wykorzystać dostępne narzędzia do efektywnego działania. Możemy też poświęcić część wykładu na dyskusję nad problemami technicznymi w komunikacji i pomyśleć nad najlepszymi technologiami, które mogą Państwu pomóc.

APB 3 – automatyczne testy

Dzisiejszy wykład mieliśmy poświęcić na automatyczne testowanie i dokumentację projektów.

Slajdy są tutaj: wyk3-testy

W związku z odwołaniem zajęć wykład się nie odbędzie. W terminie laboratoriów, proponuję, aby Państwo spotkali się ze mną telekonferencyjnie, szczegóły podam w e-mailu wysłanym przez USOS. 

APB 1,2 – Wprowadzenie i projekty BioX

Na pierwszym wykładzie rozmawialiśmy głównie o planach na wykład. Plan na lab, to zapoznanie się z podstawami systemów kontroli wersji.

Slajdy są tu: wyk1-intro

Materiały do labu:

Na drugim wykładzie rozmawialiśmy o bioperlu, biopythonie i innych projektach open-source. Slajdy do wykładu są tu: wyk2-bioX

Zgrubny harmonogram pracy na laboratoriach (zachęcam do wyprzedzania):

26 II – zebranie zespołów, (ew. wybór kierowników, może być później)
11 III – decyzja dot. tematu projektu
 praca w grupach
25 III – określenie zakresu projektu – krótki opis projektu (dostarczony do mnie dokument 1-2 stronicowy
 praca w grupach
15 IV – szczegółowy opis funkcjonalności do stworzenia przez poszczególne osoby
 praca w grupach
29 IV - prezentacja początkowych implementacji, dyskusja decyzji projektowych
 praca w grupach
4 VI – prezentacje projektów