Monthly Archives: April 2019

ONA 9 – Interpolacje funkcji

Tym razem zajmiemy się Interpolacją funkcji przy pomocy wielomianów i funkcji sklejanych.

Teoria z wykładu jeśli chodzi o wielomiany znajduje się tu a jeśli chodzi o funkcje sklejane tu.

Większość interesujących nas dzisiaj funkcji znajdziemy w module scipy.interpolate, ale najprostsze funkcje polyfit  i poly1d znajdują się w module numpy.  W module interpolate interesują nas funkcje:

Na laboratorium będziemy rozwiązywać następujące problemy:

Continue reading

WBO 8 – BLAST

UWAGA! Przenosimy termin zadania 1 o tydzień, na 29. kwietnia.

Dziś rozmawialiśmy o algorytmach przybliżonego wyszukiwania sekwencji w bazach danych. Slajdy są tu: wyk8

Na ćwiczeniach spróbujemy zająć się wykorzystaniem programu blast:

0. Wczytaj plik w formacie FastQ microbial_reads.fastq (jest już na naszym serwerze jupyter w katalogu WBO, nie trzeba go tam ładować), przy pomocy SeqIO.parse(). Są to odczyty z mikrobiomu jelitowego myszy.

Continue reading

WBO 7 – Profile reprezentowane przez HMM, domeny białkowe

Dzisiaj mówiliśmy o zastosowaniach HMM do reprezentacji profilów uliniowień oraz wyszukiwania genów.

Slajdy są tu: wyk7

W ramach ćwiczeń, warto jest zapoznać się z bazą PFAM  i możliwością wyszukiwania profilów domen przy pomocy programu HMMER. Mieliśmy też wykorzystać moduł HmmerIO, ale niestety nie działa on po niedawnych zmianach formatu HMMER.

Continue reading

ONA – Zadanie 2 – redukcja kolorów

Naszym drugim zadaniem będzie implementacja algorytmu pozwalającego na redukcję liczby kolorów w obrazie. Danymi wejściowymi będzie dla nas plik w formacie png, zawierający obraz w formacie RGB, oraz liczba kolorów (k, domyślnie 16), do których powinniśmy zredukować nasz obraz. Jako wynik zwracamy wynik redukcji, tj. nasz obraz wejściowy, ale przetworzony w taki sposób, że wszystkie piksele są w jednym z k kolorów.

Continue reading

ONA 7 – Układy równań liniowych

Dziś zajmujemy się układami równań liniowych w reprezentacji macierzowej.

Wykład będzie prowadzony prz tablicy, więc slajdów nie ma, ale potrzebne materiały ( i dużo więcej niż nam potrzeba) są dostępne w materiałach do wykładu z Metod numerycznych . Nas w szczególności interesują wykłądy 5 (eliminacja Gaussa) i 7 (uwarunkowanie problemu). Można też zajrzeć do wykładu 8 (macierze rzadkie), ale jest on o dla nas zdecydowanie zbyt obszerny, a jest to dla nas tylko temat niejako poboczny.

Continue reading

WBO – Zadanie 1

UWAGA! Przenosimy termin zadania 1 o tydzień, na 29. kwietnia.

Naszym pierwszym zadaniem będzie implementacja ważonej odległości Robinsona-Fouldsa (RF) na drzewach i jej zastosowanie.

Odległość RF definiujemy następująco:

Continue reading