Monthly Archives: February 2015

SAD 2014/15 Zajęcia 1

Slajdy do wykładu są tu

Dziś spróbujemy oswoić środowisko R. Program na dziś, to proste obliczenia, liczby, wektory, definiowanie ich “ręcznie”.

Można oprzeć się np. na notatkach P. Biecka do wprowadzenia do R (tutaj http://www.biecek.pl/semestr/stats/ )

Naszym zadaniem na dziś jest odpowiedzieć na pytania:

Czy p. Bristol naprawdę potrafiła zgadywać?

Na jakim poziomie istotności musielibyśmy odrzucać hipotezy, żeby móc tę hipotezę zerową odrzucić?

Jak wyglądałaby sytuacja, gdybyśmy rozważali problem “dwustronny”?

Zadanka “biologiczne” z ostatniego slajdu.

Przydatne funkcje R:

help()

phyper()

q()

 

 

Zadanie bonusowe WDI

Mamy dane dwa pliki. mutacje.txt , który zawiera współrzędne punktowych mutacji na chromosomach, np:

chr1 556
chr1 557
chr1 1001
chr2 33
chr2 34

I plik geny.txt, który zawiera pozycje genów na chromosomach w postaci przedziałów:

GenA chr1 276 620
GenB chr1 700 823
GenC chr2 21 300
GenD chr2 765 989

Napisz skrypt mutacje_w_genach.py, który na podstawie podanych plików w zadanym formacie wypisze do pliku wynik.txt w osobnych linijkach kolejne geny wraz z liczbą mutacji a na standardowe wyjście poda liczbę mutacji nie przypisanych do żadnego genu. Dla podanych powyżej przykładowych danych wynik powinien być następujący:

W pliku wynik.txt

GenA 2
GenB 0
GenC 2
GenD 0

A na standardowym wyjściu:

1

Za zadanie można otrzymać maksymalnie 5 punktów. Rozwiązanie należy wysłać na adres bartek@mimuw.edu.pl najpóźniej 15. lutego umieszczając w tytule znacznik “[WDI-BONNUS]“.