Monthly Archives: January 2017

APB – kryteria i procedura zaliczenia

Zbliża się koniec semestru, więc czas na ostateczne szczegóły zaliczenia. Zgodnie z zapowiedziami, do elementów zaliczenia należą:

  1.  Wykonanie referatu
  2. Małe zadanie lab. (pull request)
  3. Prezentacja projektu zespołowego
  4. Duże zadanie lab. (osobisty wkład w rozwój projektu zespołowego)

Aby zaliczyć przedmiot, trzeba zaliczyć wszystkie 4 elementy, przy czym punkt 2 nie wpływa na ocenę (jest tylko na “zal”), a ostateczna ocena będzie średnią ważoną punktów 1, 3 i 4, przy czym wkład prezentacji (punkty 1 i 3) jest mniejszy (po 25%) a samego projektu (pkt. 4) większy (50%). Oceny za punkty 1 i 4 są indywidualne (mogą być osoby o różnym wkładzie w ten sam projekt) o tyle prezentacja całego projektu jest oceniana zespołowo (niezależnie od tego, czy wszyscy brali udział w prezentacji, czy np. tylko wybrane osoby z zespołu).

Prezentacje odbędą się na ostatnich zajęciach laboratoryjnych (23. stycznia o 12:15 w labie), każdy zespół ma 30 minut na opowiedzenie o swoim projekcie. Powinna to być prezentacja adresowana do pozostałych uczestników jako potencjalnych użytkowników stworzonego pakietu. Można inspirować się dobrymi i złymi przykłądami tego typu prezentacji z konferencji BOSC (np. tu ). Prezentacja jest warunkiem koniecznym zaliczenia, nawet jeśli zespół ma problemy z ukończeniem projektu. Chciałbym, aby podczas prezentacji poruszone zostały następujące kwestie:

  1. Po co ten projekt?
  2. Co się udało?
  3. Jak to zrobiliśmy?
  4. Jak to przetestowaliśmy?
  5. Jak  to udokumentowaliśmy?
  6. Przykład zastosowania w działaniu (live demo, albo case study)
  7. Credits, czyli kto co zrobił

Na podstawie ocen z zajęć, każdy będzie miał zaproponowaną ocenę “wyjściową”, którą będzie mógł/mogła poprawić (lub w przypadkach skrajnej ignorancji – pogorszyć) na egzaminie ustnym, którego termin proponuje 30. I 2017, ale można też ustalać indywidualnie w sesji. Aby uzyskać ocenę powyżej 4, konieczny jest udział w egzaminie ustnym.

Zagadnienia na egzamin w kolejności malejącej ważności:

  1. Technologie zarządzania wersjami kodu i dzielenia się nimi (RCS, CSV, SVN, GIT, GITHUB, itp.
  2. Instytucje wspomagające rozwój oprogramowania open-source i  licencje oprogramowania (OBF, SPI, GNU, GPL, BSD, itp)
  3. Reproducible research: idee i technologie wspierające (m. in. pakiety literate programming typu sweave)
  4. Rola oprogramowania typu LIMS i Workflow management w reproducible research
  5. Oprogramowanie open source dla potrzeb bioinformatyki (projekty BioX)
  6. Pakiety do obliczeń naukowych i wizualizacji
  7. Przeglądarki genomowe

Idea egzaminu jest taka, że student na zapytanie o dowolny z tych tematów, powinien być w stanie streścić co było na danym wykładzie w kilku sensownych zdaniach i odpowiedzieć na podstwowe pytania w zakresie tego co było na wykładzie (np. różnice między licencjami, zalety i wady narzędzi do wersjonowania kodu, itp).

Termin egzaminu: 10. lutego 2017.