Dziś wykład o reprodukowalnych badaniach naukowych i systemach LIMS wyk4-lims
Na laboratorium – plan jest taki, aby kontynuować zaliczenia projektu 1, podzielić Państwa na zespoły i ustalić kierunek działania każdego z zespołów. Za 2 tygodnie już ustalimy szczegółowy zakes tematów projektu nr 2 z każdym z zespołów.
Dzisiaj Na wykładzie mówliśmy o przeglądarkach genomowych. Slajdy dostępne są tu: wyk3-browsers . Zaległe slajdy z poprzedniego tygodnia są tu: wyk2-bioX
Na ćwiczeniach będziemy przygotowywać się do zrobienia zadania 1. Zachęcam w związku z tym do założenia sobie konta w serwisie github. Następnie do wybrania sobie projektu (np. biopython, albo któryś z projektów mojej grupy dostępny na github.com/regulomics). Następnie stworzenia “rozwidlenia” (ang fork) tego projektu, ściągnięcia go do siebie, wykonania poprawki i wrzucenia poprawionej wersji na swoje konto w serwisie github, a następnie do wykonania pull requestu.
Meeting preliminary agenda:
Thursday, October 13th, 2016, Będlewo Conference Center
12:00 – 13:00 Lunch
13:30 – 14:30 Scientific talks
- Opening – B. Wilczynski (5 min)
- Update on DNAse-Seq and ChIP-Seq method developments and sample processing state – K. Stępniak (15 min)
- Update and status of our NGS sequencing – what data is available now and is planned for the near future – B. Wojtas (15 min)
- First glimpse into DNAse and RNA-Seq experimental results – B Wilczyński and A. Macioszek (15 min)
- “Maps of regulatory regions – the tfNet tool and results” together with a report on the development of “PiiL – a tool for pathway annotation” – J. Komorowski (15 min)
14:30 – 14:45 Coffee break
14:45 – 16:30 – scientific talks
- TCGA methylation project developments - MJ Dąbrowski (supported by M Draminski and B Wojtas) (25 min)
- Mutually exclusive mutations in cancer – D. Matlak (15 min)
- Introduction to M. Mozolewska expertise and its relevance to the project – M. Mozolewska (20 min)
- Statistical analyses of MNase data – Jakub Mieczkowski (15 min)
- TBA – A. Polański (30 min)
16:30 – 17:30 – Discussion and planning for the upcoming experiments and analyses over coffee
18:00 – 20:00 – Dinner
Meeting participants:
- Michał J. Dąbrowski
- Michał Dramiński
- Mateusz Garbulowski
- Bożena Kamińska
- Jan Komorowski
- Anna Macioszek
- Dariusz Matlak
- Jakub Mieczkowski
- Magdalena Mozolewska
- Andrzej Polański
- Karolina Stępniak
- Karolina Smolińska
- Bartosz Wilczyński
- Bartosz Wojtaś
Zajęcia w najbliższy poniedziałek (17.10) odbędą się normalnie.
Osoby, które nie miały dotąd szansy nauczenia się programowania, zachęcam do pracy we własnym zakresie.
Można skorzystać z samouczków pythona:
i wielu innych
Polecam robienie zadań z serwisów:
i podobnych
Materiały do nauki programowania znajdą Państwo również tu:
Kilka zadań jest też dostępnych na stronie zajęć z poprzedniego roku (u dołu strony).
http://www.mimuw.edu.pl/~pawel.bednarz/apb.html
Zadanie 1. ma wykazać, że każdy z Państwa umie samodzielnie wykonać podstawowe operacje na publicznym projekcie open source (np. Biopython). Państwa zadanie polega na:
Zachęcam Państwa do konsultowania się ze mną przynajmniej po etapie 2. i 4. (choćby przez e-mail).
Spodziewam się, że zakończą Państwo to zadanie do końca listopada
Zadanie jest na zaliczenie, tzn. bez wykonania go, nie można zaliczyć ćwiczeń.
Sprawdzanie będzie polegać na tym, że spotkają się Państwo ze mną (np. na zajęciach) i opowiedzą o tym co Państwo zrobili i jak.
Dzisiaj na wykładzie wprowadzenie do tematyki wykładu – w szczególności o otwartych licencjach na użytkowanie i dystrybucję oprogramowania. Slajdy tutaj wyk1-intro.
Na laboratorium porozmawiamy o użytkowaniu programów do kontroli wersji. Trochę o historii – od SCCS, przez RCS, CVS i SVN do git’a. Umówimy się na pierwszy projekt zaliczeniowy i pewnie podzielimy się na grupy do drugiego zadania.
Warto zajrzeć http://biopython.org/wiki/GitUsage