Month: March 2019

WBO 5 – Uliniowienie wielu sekwencji

Dzisiaj mówiliśmy o metodach uliniowienia wielu sekwencji. Slajdy są tu:wyk5

Na zajęciach naszym celem jest zapoznanie się z metodami uliniowienia wielu sekwencji w pakiecie Biopython oraz metodami uliniowienia progresywnego. Warto przeczytać odpowiedni rozdział tutorialu biopythona

0. Tutaj warto, aby każdy z Państwa korzystających z serwera jupyter, założył sobie na serwerze Jupyter własny folder, żeby pliki nam się nie mieszały. Proponuję numer indeksu, albo inny identyfikator jednoznaczny. Continue reading “WBO 5 – Uliniowienie wielu sekwencji”

ONA 5 – Przetwarzanie obrazu

Dzisiejsze zajęcia poświęcimy na analizę obrazów 2d. Slajdy są tu ONA5-Obrazy

Przydać mogą się pakiety: scipy.ndimage i matplotlib

Zadania na dziś:

0. Pozyskaj przy pomocy kinect swoje zdjęcie w pracowni komputerowej zarówno w postaci macierzy głebokości, jak i obrazów rgb (przyklady tu i tu)

Continue reading “ONA 5 – Przetwarzanie obrazu”

ONA 4 – Przetwarzanie sygnałów

Dziś zajmujemy się przetwarzaniem sygnałów, slajdy są dostępne tu: ONA4-DSP

Animacja transformaty Fourier’a z wikipedii (ze slajdów) jest tutaj, zaś animacje splotu, można znaleźć na stronie wikipedii tu: Convolution

Interesują nas przede wszystkim biblioteki scipy.signal i scipy.fftpack

Continue reading “ONA 4 – Przetwarzanie sygnałów”

APB 2 – Projekty BioPerl, BioJava i inne projekty bioinformatyczne opensource

Dziś porozmawiamy o bioperlu, biopythonie i innych projektach open-source. Slajdy do wykładu są tu: wyk2-bioX

Dzisiaj na zajęciach chciałbym, żeby wszyscy przynajmniej zaczęli swoje zadanie indywidualne (z grubsza opisane na ostatnim slajdzie do wykładu).

Continue reading “APB 2 – Projekty BioPerl, BioJava i inne projekty bioinformatyczne opensource”