Ponieważ pojawiają się pytania o to, co powinno być w raporcie do zadania, to postanowiłem tutaj napisac krótką notatkę na ten temat. Dla zadań z WBO i ONA raporty powinny mieć podobną strukturę, więc piszę jedną notatkę.
Month: May 2019
WBO 12 – mapowanie odczytów
Dziś mamy zajęcia o mapowaniu odczytów. Wykład tutaj: wyk12-ngs
Zadania na dziś dotyczą głównie indeksów sekwencji:
WBO – Zadanie 2 – 2019 –
Tym razem nasze zadanie polegać będzie na napisaniu programu, który dla zadanej listy fragmentów białek uzupełnia je do pełnych sekwencji używając programu BLAST, a następnie wyszukuje w tych sekwencjach domen przy pomocy algorytmu HMMER, żeby na koniec sprawdzić istotność wzbogacenia listy białek w konkretne typy domen.
WBO 11 – Motywy sekwencyjne
Dziś rozmawialiśmy o reprezentacji i wyszukiwaniu motywów sekwencyjnych: wyk11-motifs
Zadania na dziś:
ONA 12 – Obliczenia symboliczne i pakiety do obliczeń
Dzisiejszy wykład porównujący cechy różnych pakietów do obliczeń jest tu: ONA12-Pakiety-oprogramowania
Continue reading “ONA 12 – Obliczenia symboliczne i pakiety do obliczeń”
WBO – Rozkład zajęć
W związku z tym, że nie mieliśmy jednego wykładu, planowałem przeniesienie kolokwium na inny termin, ale po rozmowie z Państwem postanowiłem jednak tego nie robić (za dużo konfliktów terminów).
WBO 10 – uzgadnianie drzew
Dzisiaj na wykładzie zajmowaliśmy się uzgadnianiem drzew.
Slajdy do wykładu:
- Wg Pawła Góreckiego (głównie slajdy 1-20) : dlt
- Wg Terry’ego Speed’a (głównie slajdy 14-20): Terry-Speed-Reconciliation
Zadania na lab: Continue reading “WBO 10 – uzgadnianie drzew”
ONA 11 – Różniczkowanie i całkowanie numeryczne
Dziś będziemy zajmować się różniczkowaniem i całkowaniem numerycznym. Slajdy są tu: ONA11-calkowanie
Przydatny będzie nam przede wszystkim pakiet scipy.integrate ale będziemy też korzystać z nowych funkcji pakietu matplotlib, takich jak wykresy strzałkowe
0. Na początek proponuje obejrzeć sobie program opisujący model Lotki-Volterry ( lotka_volterra ) i spróbować wykonać go po kawałku ze zrozumieniem. Jeśli są pytania, to proszę pytać
Continue reading “ONA 11 – Różniczkowanie i całkowanie numeryczne”
Terminy ONA
Wyniki zadania 3 wysyłamy do 2. VI 2019
Kolokwium robimy tak jak w planie, 27. V 2019 na wykładzie – przykładowe kolokwium kolokwium-2017
Egzamin robimy 17 VI. o godzinie 10tej
ONA – zadanie 3 – kompresja serii obrazów przez interpolację/aproksymację
UWAGA! Z rozmów z Państwem wynika, że potrzebne są pewne istotne wyjaśnienia:
1. Kwestia numeryki – spodziewane jest pojawianie się czasem problemów natury numerycznej spowodowanych złym uwarunkowaniem niektórych zadań interpolacji/aproksymacji. Trzeba to jakoś obsłużyć (wiadomość dla użytkownika, wykrywanie NAN/INF w wynikach, itp.) oraz opisać.
2. Nie interesują mnie porównania z efektywnością zapisu do plików (choć komentarze i rozważania n/t minimalnego narzutu na rozmiar pliku mogą być wartościowe). Kiedy piszę o “współczynniku kompresji” mam na myśli zmianę liczby bitów/bajtów potrzebnych do zapisu zestawu obrazków – tj. porównanie (liczby pikseli*liczba bitów reprezentacji piksela) vs. (liczba współczynników*liczba bitów reprezentacji współczynnika).
Nasze ostatnie i największe zadanie będzie łączyć tematykę aproksymacji i kompresji danych. Naszym celem będzie zaimplementowanie i przetestowanie prostego algorytmu do kompresji stratnej sekwencji podobnych obrazów.
Rozważmy przykładowy zestaw obrazów pochodzących z kamerki internetowej (wersja w osobnych plikach tutaj):
Continue reading “ONA – zadanie 3 – kompresja serii obrazów przez interpolację/aproksymację”