Monthly Archives: May 2019

WBO – Zadanie 2 – 2019 -

Tym razem nasze zadanie polegać będzie na napisaniu programu, który dla zadanej listy fragmentów białek uzupełnia je do pełnych sekwencji używając programu BLAST, a następnie wyszukuje w tych sekwencjach domen przy pomocy algorytmu HMMER, żeby na koniec sprawdzić istotność wzbogacenia listy białek w konkretne typy domen.

Continue reading

ONA 11 – Różniczkowanie i całkowanie numeryczne

Dziś będziemy zajmować się różniczkowaniem i całkowaniem numerycznym. Slajdy są tu: ONA11-calkowanie

Przydatny będzie nam przede wszystkim pakiet scipy.integrate ale będziemy też korzystać z nowych funkcji pakietu matplotlib, takich jak wykresy strzałkowe

0. Na początek proponuje obejrzeć sobie program opisujący model Lotki-Volterry ( lotka_volterra ) i spróbować wykonać go po kawałku ze zrozumieniem. Jeśli są pytania, to proszę pytać

Continue reading

ONA – zadanie 3

UWAGA! Z rozmów z Państwem wynika, że potrzebne są pewne istotne wyjaśnienia:
1. Kwestia numeryki – spodziewane jest pojawianie się czasem problemów natury numerycznej spowodowanych złym uwarunkowaniem niektórych zadań interpolacji/aproksymacji. Trzeba to jakoś obsłużyć (wiadomość dla użytkownika, wykrywanie NAN/INF w wynikach, itp.) oraz opisać.
2. Nie interesują mnie porównania z efektywnością zapisu do plików (choć komentarze i rozważania n/t minimalnego narzutu na rozmiar pliku mogą być wartościowe). Kiedy piszę o “współczynniku kompresji” mam na myśli zmianę liczby bitów/bajtów potrzebnych do zapisu zestawu obrazków – tj. porównanie (liczby pikseli*liczba bitów reprezentacji piksela) vs. (liczba współczynników*liczba bitów reprezentacji współczynnika).

Nasze ostatnie i największe zadanie będzie łączyć tematykę aproksymacji i kompresji danych. Naszym celem będzie zaimplementowanie i przetestowanie prostego algorytmu do kompresji stratnej sekwencji podobnych obrazów.

Rozważmy przykładowy zestaw obrazów pochodzących z kamerki internetowej (wersja w osobnych plikach tutaj):

plaza

Continue reading