Dziś mamy zajęcia o mapowaniu odczytów. Wykład tutaj: wyk12-ngs
Zadania na dziś dotyczą głównie indeksów sekwencji:
1. Napisz funkcję compute BWT(txt), która oblicza BWT (w postaci napisu) dla zadanej sekwencji DNA oraz tablice C(x) i OCC(i,x)
2. Wylicz te wartośći dla sekwencji:
CGAGCCGCTTTCCATATCTATTAACGCATAAAAAACTCTGCTGGCATTCACAAATGCGCAGGGGTAAAACGTTTCCTGTAGCACCGTGAGTTATACTTTGT
3. Korzystając z metody podanej na wykładzie wyszukaj wystąpień napisu AAAC w podanej sekwencji
4. Korzystając z podanej metody omijania błędów znajdź sekwencję (z co najwyżej jednym błędem) AAAACTCCGCTGGCATTCACAAAT
Zadanie domowe: Użyj stworzonego dziś kodu aby wyszukać wszystkie sekwencje promotorowe z pliku ecoli_proms.fa w sekwencji genomu E. coli Escherichia_coli_str_k_12_substr_mg1655.ASM584v2.dna.chromosome.Chromosome.fa
Uwaga do pracy domowej: raczej nie możemy tu korzystać z algorytmów o kwadratowej złożoności pamięciowej.