APB 6 – Workflow management software in bioinformatics – from Kepler to Galaxy

Dziś na wykładzie (online – link podam na rocket chat i usos-mail) będziemy mówić o rozwiązaniach do zarządzania przepływami pracy (ang. workflows). Jest to niejako kontynuacja poprzedniego wykładu o LIMS i reproducible research. slajdy są tu: wyk6-workflows

Na ostatnim laboratorium otrzymałem od wszystkich zespołów opisy projektów. Na dzisiejszym laboratorium będziemy znowu robić konsultacje nt. harmonogramów prac zespołów i podziału zadań. Wg poprzedniego harmonogramu, mieliśmy mieć teraz 3 tygodnie do ustalenia już konkretnego planu działań, ale biorąc pod uwagę, że mamy nieco inne warunki i kontakt zarówno wewnatrz zespołów, jak i między mną a Państwem jest nieco utrudniony to proponuję taki plan działań (jak zwykle – to jest program minimum – zachęcam do działania z wyprzedzeniem):

  • 15 IV - zgrubny podział zadań i ramowy harmonogram (wyznaczenie modułów do wykonania przez poszczególne osoby i ram czasowych głównych zadań tzw. kroków milowych – działające moduły, integracja modułów, dokumentacja i tutoriale)
  • 29 IV – szczegółowy opis funkcjonalności do stworzenia przez poszczególne osoby (tu już nie tylko moduły, ale i funkcje i ich wejścia wyjścia, zdefiniowanie punktów integracji tj. gdzie muszą się Państwo w swoich modułach trzymać ściśle specyfikacji, a gdzie mogą Państwo jeszcze zmieniać implementację swobodnie)
  • 13 V - prezentacja początkowych implementacji, dyskusja decyzji projektowych (tutaj oczekuję, że wszystkie zespoły będą miały już założone repozytoria i jakieś zręby początkowych działających implementacji)
  • 10 VI – prezentacje projektów

Tymczasem mamy jeszcze program wykładów i prezentacji:

  • 8 IV – piątek, nie ma zajęć
  • 15 IV – Wykład
  • 22 IV -  Wykład
  • 29 IV – referaty (przeniesione z 22 IV): Kiełek (Cytoscape) i Niedźwiecki (dokowanie)
  • 6 V – referaty (przeniesione z 29 IV): Domżał (?) i Goździewska (SNP)
  • 13 V – referaty (przeniesione z 6 V): Różycka (RNA Seq) i Grynkiewicz (Synthetic lethality testing)
  • 20 V – referaty: Kuśnierz (Dynamika Molekularna?) i Kiljan (metagenomika)
  • 27 V – referaty: Solak (MSA) i Szymczak (?)
  • 3 VI – referaty: Antonowicz (?) i Poziemski (Asemblacja DNA)
  • 10 VI – prezentacje zespołowe

 

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *

You may use these HTML tags and attributes: <a href="" title=""> <abbr title=""> <acronym title=""> <b> <blockquote cite=""> <cite> <code> <del datetime=""> <em> <i> <q cite=""> <strike> <strong>