Dzisiejszy wykład poświęciliśmy na automatyczne testowanie i dokumentację projektów.
Slajdy są tutaj: wyk3-testy
Continue reading “APB 3 – automatyczne testowanie i dokumentacja”
Teaching
WBO – 3 – uliniowienie par sekwencji
Dziś zajmujemy się uliniawianiem par sekwencji –wyk3
Zadania na laboratorium: Continue reading “WBO – 3 – uliniowienie par sekwencji”
ONA – Zadanie 1 – Automaty komórkowe
Naszym pierwszym zadaniem zaliczeniowym będzie napisanie programu umożliwiającego symulację automatów komórkowych, czyli pewnych obiektów matematycznych, które wymyślił w latach 40tych XX wieku Stanisław Ulam.
ONA 3 – Wykresy
APB 2 – Projekty BioPerl, BioJava i inne projekty bioinformatyczne opensource
Dziś porozmawiamy o bioperlu, biopythonie i innych projektach open-source. Slajdy do wykładu są tu: wyk2-bioX
Dzisiaj na zajęciach chciałbym, żeby wszyscy przynajmniej zaczęli swoje zadanie indywidualne (z grubsza opisane na ostatnim slajdzie do wykładu).
Continue reading “APB 2 – Projekty BioPerl, BioJava i inne projekty bioinformatyczne opensource”
WBO 2 – Ewolucja sekwencji
Dziś będziemy mówić o modelach ewolucji sekwencji.
Slajdy do wykładu są tu: wyk2.
Podczas labów mogą Państwo korzystać z serwera Jupyter, który ma zainstalowany pakiet biopython. (kilka porad jak używać jupyter’a tu ). Zadania do wykonania na dziś:
ONA 2 – Macierze, wektory i Numpy
Slajdy do wykładu – ONA2-Macierze
Jako interpretera pythona mogą Państwo dalej używać naszego serwera Jupyter. Proszę o nie nadużywanie tych interpreterów – szczególnie jeśli chodzi o zajmowanie pamięci. Trochę porad jak używać jupytera znajdą Państwo tu .
Ćwiczenia: Continue reading “ONA 2 – Macierze, wektory i Numpy”
APB 1
Dzisiaj na wykładzie rozmawialiśmy głównie o planach na wykład i licencjach na oprogramowanie. Plan na lab, to zapoznanie się z podstawami systemów kontroli wersji.
Slajdy są tu: wyk1-intro
Materiały do labu: Continue reading “APB 1”
WBO 1 – O sekwencjach DNA i grafach
Dzisiaj będziemy rozmawiać o sekwencjach DNA i grafach. Slajdy do wykładu są tu: wyk1
Zasadniczo pracujemy w języku python. Jeśli ktoś ma kłopoty z interpreterem w labie, to może korzystać z serwera jupyter, używając Continue reading “WBO 1 – O sekwencjach DNA i grafach”
ONA 1 – Arytmetyka zmiennoprzecinkowa
Slajdy do wykładu można znaleźć tu: ONA1-Arytmetyka
Uwaga nt. liczb całkowitych. Obecnie python3 ukrywa zupełnie przed nami fakt istnienia ograniczeń wielkości rejestrów przy operacjach na liczbach całkowitych. Aby zobaczyć jak to działa, warto uruchomić interpreter python2.7 i wykonać operacje na dużych liczbach.