Dzisiaj będziemy rozmawiać o sekwencjach DNA i grafach. Slajdy do wykładu są tu: wyk1
Author: bartek
WBO 13 – Asemblacja genomów i metagenomika
Dziś na wykładzie zajmiemy się zagadnieniem asemblacji genomów i metagenomami. Slajdy są tu: wyk13-assembly-meta
Continue reading “WBO 13 – Asemblacja genomów i metagenomika”
ONA 13 – rozwiązania równań nieliniowych i metody Monte Carlo
Dziś przede wszystkim zajmowaliśmy się zerami funkcji nieliniowych, ale zrobiliśmy też dygresję (w zasadzie uzupełnienie do wykładu o całkowaniu numerycznym) n.t. metod Monte Carlo. Notatki do równań nieliniowych znajdą Państwo tu. Opis całkowania metodą MC znajdą Państwo np. tu
Zadania na dziś:
Continue reading “ONA 13 – rozwiązania równań nieliniowych i metody Monte Carlo”
Struktura raportu zaliczeniowego
Ponieważ pojawiają się pytania o to, co powinno być w raporcie do zadania, to postanowiłem tutaj napisac krótką notatkę na ten temat. Dla zadań z WBO i ONA raporty powinny mieć podobną strukturę, więc piszę jedną notatkę.
WBO 12 – mapowanie odczytów
Dziś mamy zajęcia o mapowaniu odczytów. Wykład tutaj: wyk12-ngs
Zadania na dziś dotyczą głównie indeksów sekwencji:
WBO – Zadanie 2 – 2019 –
Tym razem nasze zadanie polegać będzie na napisaniu programu, który dla zadanej listy fragmentów białek uzupełnia je do pełnych sekwencji używając programu BLAST, a następnie wyszukuje w tych sekwencjach domen przy pomocy algorytmu HMMER, żeby na koniec sprawdzić istotność wzbogacenia listy białek w konkretne typy domen.
WBO 11 – Motywy sekwencyjne
Dziś rozmawialiśmy o reprezentacji i wyszukiwaniu motywów sekwencyjnych: wyk11-motifs
Zadania na dziś:
ONA 12 – Obliczenia symboliczne i pakiety do obliczeń
Dzisiejszy wykład porównujący cechy różnych pakietów do obliczeń jest tu: ONA12-Pakiety-oprogramowania
Continue reading “ONA 12 – Obliczenia symboliczne i pakiety do obliczeń”
WBO – Rozkład zajęć
W związku z tym, że nie mieliśmy jednego wykładu, planowałem przeniesienie kolokwium na inny termin, ale po rozmowie z Państwem postanowiłem jednak tego nie robić (za dużo konfliktów terminów).
WBO 10 – uzgadnianie drzew
Dzisiaj na wykładzie zajmowaliśmy się uzgadnianiem drzew.
Slajdy do wykładu:
- Wg Pawła Góreckiego (głównie slajdy 1-20) : dlt
- Wg Terry’ego Speed’a (głównie slajdy 14-20): Terry-Speed-Reconciliation
Zadania na lab: Continue reading “WBO 10 – uzgadnianie drzew”