Naszym drugim zadaniem będzie implementacja algorytmu pozwalającego na redukcję liczby kolorów w obrazie. Danymi wejściowymi będzie dla nas plik w formacie png, zawierający obraz w formacie RGB, oraz liczba kolorów (k, domyślnie 16), do których powinniśmy zredukować nasz obraz. Jako wynik zwracamy wynik redukcji, tj. nasz obraz wejściowy, ale przetworzony w taki sposób, że wszystkie piksele są w jednym z k kolorów.
Teaching
ONA 7 – Układy równań liniowych
Dziś zajmujemy się układami równań liniowych w reprezentacji macierzowej.
Wykład będzie prowadzony prz tablicy, więc slajdów nie ma, ale potrzebne materiały ( i dużo więcej niż nam potrzeba) są dostępne w materiałach do wykładu z Metod numerycznych . Nas w szczególności interesują wykłądy 5 (eliminacja Gaussa) i 7 (uwarunkowanie problemu). Można też zajrzeć do wykładu 8 (macierze rzadkie), ale jest on o dla nas zdecydowanie zbyt obszerny, a jest to dla nas tylko temat niejako poboczny.
APB – Wykłady 4,5,6
Slajdy do wykładu 4 o przeglądarkach genomu wyk4-browsers
Slajdy do wykładu 5 o pakietach LIMS itp. wyk5-lims
Slajdy do wykładu 6 wyk6-workflows
Na ćwiczeniach będziemy omawiać już pierwsze ustalenia dot. podziału zadań na osoby w zespole.
WBO – Zadanie 1
UWAGA! Przenosimy termin zadania 1 o tydzień, na 29. kwietnia.
Naszym pierwszym zadaniem będzie implementacja ważonej odległości Robinsona-Fouldsa (RF) na drzewach i jej zastosowanie.
Odległość RF definiujemy następująco:
WBO 6 – Ukryte modele Markowa
ONA 6 – Kompresja
Slajdy są tutaj ONA6-kompresja
Zadania na dziś:
1. Zapoznaj się z modułem gzip zapisz plik tekstowy ze swoim ulubionym wierszem lub sekwncję ulubionego genu ludzkiego w pliku skompresowanym ze skryptu pythona, zdekompresuj go przy pomocy programu gunzip i odwrotnie
WBO 5 – Uliniowienie wielu sekwencji
Dzisiaj mówiliśmy o metodach uliniowienia wielu sekwencji. Slajdy są tu:wyk5
Na zajęciach naszym celem jest zapoznanie się z metodami uliniowienia wielu sekwencji w pakiecie Biopython oraz metodami uliniowienia progresywnego. Warto przeczytać odpowiedni rozdział tutorialu biopythona
0. Tutaj warto, aby każdy z Państwa korzystających z serwera jupyter, założył sobie na serwerze Jupyter własny folder, żeby pliki nam się nie mieszały. Proponuję numer indeksu, albo inny identyfikator jednoznaczny. Continue reading “WBO 5 – Uliniowienie wielu sekwencji”
ONA 5 – Przetwarzanie obrazu
Dzisiejsze zajęcia poświęcimy na analizę obrazów 2d. Slajdy są tu ONA5-Obrazy
Przydać mogą się pakiety: scipy.ndimage i matplotlib
Zadania na dziś:
0. Pozyskaj przy pomocy kinect swoje zdjęcie w pracowni komputerowej zarówno w postaci macierzy głebokości, jak i obrazów rgb (przyklady tu i tu)
WBO 4 – Drzewa filogenetyczne
Dziś rozmawiamy o prostych metodach kostrukcji drzew na podstawie macierzy odległości. Slajdy na dziś składają się z mojej prezentacji nt. metod heurystycznych: wyk4 i slajdów P. Góreckiego nt. metod ML: gorecki-ml-tree
Na laboratorium będziemy konstruować drzewa w praktyce.
ONA 4 – Przetwarzanie sygnałów
Dziś zajmujemy się przetwarzaniem sygnałów, slajdy są dostępne tu: ONA4-DSP
Animacja transformaty Fourier’a z wikipedii (ze slajdów) jest tutaj, zaś animacje splotu, można znaleźć na stronie wikipedii tu: Convolution
.gif){kind=link}
Interesują nas przede wszystkim biblioteki scipy.signal i scipy.fftpack