ONA – zadanie 3

UWAGA! Z rozmów z Państwem wynika, że potrzebne są pewne istotne wyjaśnienia:
1. Kwestia numeryki – spodziewane jest pojawianie się czasem problemów natury numerycznej spowodowanych złym uwarunkowaniem niektórych zadań interpolacji/aproksymacji. Trzeba to jakoś obsłużyć (wiadomość dla użytkownika, wykrywanie NAN/INF w wynikach, itp.) oraz opisać.
2. Nie interesują mnie porównania z efektywnością zapisu do plików (choć komentarze i rozważania n/t minimalnego narzutu na rozmiar pliku mogą być wartościowe). Kiedy piszę o “współczynniku kompresji” mam na myśli zmianę liczby bitów/bajtów potrzebnych do zapisu zestawu obrazków – tj. porównanie (liczby pikseli*liczba bitów reprezentacji piksela) vs. (liczba współczynników*liczba bitów reprezentacji współczynnika).

Nasze ostatnie i największe zadanie będzie łączyć tematykę aproksymacji i kompresji danych. Naszym celem będzie zaimplementowanie i przetestowanie prostego algorytmu do kompresji stratnej sekwencji podobnych obrazów.

Rozważmy przykładowy zestaw obrazów pochodzących z kamerki internetowej (wersja w osobnych plikach tutaj):

plaza

Continue reading

ONA 9 – Interpolacje funkcji

Tym razem zajmiemy się Interpolacją funkcji przy pomocy wielomianów i funkcji sklejanych.

Teoria z wykładu jeśli chodzi o wielomiany znajduje się tu a jeśli chodzi o funkcje sklejane tu.

Większość interesujących nas dzisiaj funkcji znajdziemy w module scipy.interpolate, ale najprostsze funkcje polyfit  i poly1d znajdują się w module numpy.  W module interpolate interesują nas funkcje:

Na laboratorium będziemy rozwiązywać następujące problemy:

Continue reading

WBO 8 – BLAST

UWAGA! Przenosimy termin zadania 1 o tydzień, na 29. kwietnia.

Dziś rozmawialiśmy o algorytmach przybliżonego wyszukiwania sekwencji w bazach danych. Slajdy są tu: wyk8

Na ćwiczeniach spróbujemy zająć się wykorzystaniem programu blast:

0. Wczytaj plik w formacie FastQ microbial_reads.fastq (jest już na naszym serwerze jupyter w katalogu WBO, nie trzeba go tam ładować), przy pomocy SeqIO.parse(). Są to odczyty z mikrobiomu jelitowego myszy.

Continue reading

WBO 7 – Profile reprezentowane przez HMM, domeny białkowe

Dzisiaj mówiliśmy o zastosowaniach HMM do reprezentacji profilów uliniowień oraz wyszukiwania genów.

Slajdy są tu: wyk7

W ramach ćwiczeń, warto jest zapoznać się z bazą PFAM  i możliwością wyszukiwania profilów domen przy pomocy programu HMMER. Mieliśmy też wykorzystać moduł HmmerIO, ale niestety nie działa on po niedawnych zmianach formatu HMMER.

Continue reading

ONA – Zadanie 2 – redukcja kolorów

Naszym drugim zadaniem będzie implementacja algorytmu pozwalającego na redukcję liczby kolorów w obrazie. Danymi wejściowymi będzie dla nas plik w formacie png, zawierający obraz w formacie RGB, oraz liczba kolorów (k, domyślnie 16), do których powinniśmy zredukować nasz obraz. Jako wynik zwracamy wynik redukcji, tj. nasz obraz wejściowy, ale przetworzony w taki sposób, że wszystkie piksele są w jednym z k kolorów.

Continue reading