Dziś rozmawialiśmy o reprezentacji i wyszukiwaniu motywów sekwencyjnych: wyk11-motifs
Zadania na dziś:
Category: WBO
WBO – Rozkład zajęć
W związku z tym, że nie mieliśmy jednego wykładu, planowałem przeniesienie kolokwium na inny termin, ale po rozmowie z Państwem postanowiłem jednak tego nie robić (za dużo konfliktów terminów).
WBO 10 – uzgadnianie drzew
Dzisiaj na wykładzie zajmowaliśmy się uzgadnianiem drzew.
Slajdy do wykładu:
- Wg Pawła Góreckiego (głównie slajdy 1-20) : dlt
- Wg Terry’ego Speed’a (głównie slajdy 14-20): Terry-Speed-Reconciliation
Zadania na lab: Continue reading “WBO 10 – uzgadnianie drzew”
WBO 9 – Homologi i funkcje genów
Slajdy z dzisiejszego wykładu są tu: WBO9
Zadania na dziś:
WBO 8 – BLAST
UWAGA! Przenosimy termin zadania 1 o tydzień, na 29. kwietnia.
Dziś rozmawialiśmy o algorytmach przybliżonego wyszukiwania sekwencji w bazach danych. Slajdy są tu: wyk8
Na ćwiczeniach spróbujemy zająć się wykorzystaniem programu blast:
0. Wczytaj plik w formacie FastQ microbial_reads.fastq (jest już na naszym serwerze jupyter w katalogu WBO, nie trzeba go tam ładować), przy pomocy SeqIO.parse(). Są to odczyty z mikrobiomu jelitowego myszy.
WBO 7 – Profile reprezentowane przez HMM, domeny białkowe
Dzisiaj mówiliśmy o zastosowaniach HMM do reprezentacji profilów uliniowień oraz wyszukiwania genów.
Slajdy są tu: wyk7
W ramach ćwiczeń, warto jest zapoznać się z bazą PFAM i możliwością wyszukiwania profilów domen przy pomocy programu HMMER. Mieliśmy też wykorzystać moduł HmmerIO, ale niestety nie działa on po niedawnych zmianach formatu HMMER.
Continue reading “WBO 7 – Profile reprezentowane przez HMM, domeny białkowe”
WBO – Zadanie 1
UWAGA! Przenosimy termin zadania 1 o tydzień, na 29. kwietnia.
Naszym pierwszym zadaniem będzie implementacja ważonej odległości Robinsona-Fouldsa (RF) na drzewach i jej zastosowanie.
Odległość RF definiujemy następująco:
WBO 6 – Ukryte modele Markowa
WBO 5 – Uliniowienie wielu sekwencji
Dzisiaj mówiliśmy o metodach uliniowienia wielu sekwencji. Slajdy są tu:wyk5
Na zajęciach naszym celem jest zapoznanie się z metodami uliniowienia wielu sekwencji w pakiecie Biopython oraz metodami uliniowienia progresywnego. Warto przeczytać odpowiedni rozdział tutorialu biopythona
0. Tutaj warto, aby każdy z Państwa korzystających z serwera jupyter, założył sobie na serwerze Jupyter własny folder, żeby pliki nam się nie mieszały. Proponuję numer indeksu, albo inny identyfikator jednoznaczny. Continue reading “WBO 5 – Uliniowienie wielu sekwencji”
WBO 4 – Drzewa filogenetyczne
Dziś rozmawiamy o prostych metodach kostrukcji drzew na podstawie macierzy odległości. Slajdy na dziś składają się z mojej prezentacji nt. metod heurystycznych: wyk4 i slajdów P. Góreckiego nt. metod ML: gorecki-ml-tree
Na laboratorium będziemy konstruować drzewa w praktyce.