W związku z prośbami o plan tematów na kolejnych wykładach i ew. lektury podaję tu plan na dotychczasowe i planowane zajęcia do kolokwium:
Sekwencje DNA i komplementarność, grafy – z książki Pevznera “Computational Molecular Biology”)
Modele ewolucji DNA – część z notatek N. Dojera , część z książki Felsensteina “inferring phylogenies”)
Porównania par sekwencji – (wg książki Durbina “biological sequence analysis”)
Budowa drzew filogenetycznych – (z książki Felsensteina “inferring phylogenies”)
Uliniowienia wielu sekwencji (z książki Durbin’a – biological sequence analysis)
Ukryte modele Markowa (HMM) – (z książki Durbin’a j.w.)
Zastosowania HMM do modelowania domen białkowych
Wyszukiwanie sekwencji podobnych i algorytm BLAST (część notatek na stronie N. Dojera )
Rodziny i funkcje genów
Uzgadnianie drzew