Zajmiemy się dziś testowaniem wielu hipotez. Slajdy są tu
Najpierw przypomnimy sobie rozkłady dwumianowy i hipergeometryczny
Zadanie 1.
Spróbuj wygenerować po 10, 100 lub 1000 różnych wyników eksperymentu dla schematów testu Fisher’a (próbowanie herbaty razy 20) i schematu Bernoulliego (dziesięciokrotny rzut monetą) przy założeniu hipotezy zerowej. Zobacz jak często popełniają błedy I rodzaju testy phyper i pbinom przy zastosowaniu poprawki Bonferroniego lub bez niej.
Zadanie 2.
Używając funkcji hist, spróbuj wyrysować histogramy p-wartości dla różnej “rozdzielczości” i oszacuj FDR.
Zadanie 3.
Zainstaluj pakiet qvalue z bioconductor’a Przeczytaj manual i zastosuj go (qvalue.gui) do p-wartości uzyskanych w Zad 1.
Przydatne funkcje:
rhyper,runif,rbinom, phyper, pbinom, write, scan, for, hist