Dzisiejszy wykład także będzie przeprowadzony zdalnie na platformie google meet. Link wyślę Państwu przez e-mail i chat wydziałowy.
Dziś zajmujemy się przetwarzaniem sygnałów, slajdy są dostępne tu: ONA4-DSP
Animacja transformaty Fourier’a z wikipedii (ze slajdów) jest tutaj, zaś animacje splotu, można znaleźć na stronie wikipedii tu: Convolution
.gif){kind=link}
Na laboratorium interesują nas przede wszystkim biblioteki scipy.signal i scipy.fftpack
1. Wygeneruj sygnał funkcji wielomianowej o zaburzeniu Gaussowskim, dla 10000 punktów. Wykonaj uśrednienia tego sygnału przy pomocy średniej kroczącej, albo splotu przy pomocy filtru kwadratowego, trójkątnego lub Gaussowskiego. WYniki zaprezentuj na wykresie
2. Pobierz sygnał o zajętości nukleosomowej z plików pochodzących z eksperymentu MNase-Seq ( dane tu w formacie bedgraph ) . Wczytaj go do numpy jako wektor. Przedstaw go na wykresie. Używając szybkiej trasformaty fouriera oblicz widmo Fourierowskie tego sygnału. Przedstaw je na innym wykresie. Wyzeruj część widma wysokich częstotliwości i dokonaj odwrotnej transformaty Fouriera, aby uzyskać wygładzony sygnał zajętości nukleosomami. Spróbuj tak dobrać parametry filtra, aby wykres po odwrotnej transformacie Fouriera miał okres zbliżony do 160-200 par zasad.