Dzisiaj mówiliśmy o zastosowaniach HMM do reprezentacji profilów uliniowień oraz wyszukiwania genów.
Slajdy są tu: wyk7
W ramach ćwiczeń, warto jest zapoznać się z bazą PFAM i możliwością wyszukiwania profilów domen przy pomocy programu HMMER. Mieliśmy też wykorzystać moduł HmmerIO, ale niestety nie działa on po niedawnych zmianach formatu HMMER.
Zasadniczo powinniśmy móc wykorzystać to narzędzie (pfam+hmmer) do wyszukania domen. I znalezienia ich modeli. Proponuję zacząć od białka tramtrack , które posiada 2 istotnie różne wersje TTK69 i TTK88. Proszę znaleźć te dwie sekwencje aminokwasowe w bazie flybase, ściągnąć je do siebie i wrzucić do wyszukiwarki domen pfam/hmmer. Następnie porównać struktury domen tych białek i zobaczyć jak to się ma do struktury egzonów genu tramtrack. Warto zobaczyć jak wyglądają opisy domen w postaci profilów hmm.