Dzisiaj mówiliśmy o metodach uliniowienia wielu sekwencji. Slajdy są tu: wyk5
Na zajęciach naszym celem jest zapoznanie się z metodami uliniowienia wielu sekwencji w pakiecie Biopython oraz metodami uliniowienia progresywnego. Warto przeczytać odpowiedni rozdział tutorialu biopythona
0. Tutaj warto, aby każdy z Państwa założył sobie na serwerze Jupyter własny folder, żeby pliki nam się nie mieszały. Proponuję numer indeksu, albo inny identyfikator jednoznaczny.
1.Weźmy na początek naszą rodzinę sekwencji białek histonowych. Jest dostępna na naszym serwerze jupyter w pliku histones.fa_ Na początek potrzebujemy wczytać je z pliku (SeqIO.parse ) przetłumaczyć je na sekwencje białkowe (metoda translate()) i zapisać do pliku fasta (SeqIO.write) wraz z odpowiednimi identyfikatorami i usuniętymi kodonami stopu (*, która powstaje w wyniku translate)
2. Wykorzystajmy program clustalw (Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline) do wykonania mulituliniowienia tych sekwencji na naszym serwerze plik wykonywalny jest zainstalowany w katalogu /usr/bin. Po wykonaniu zadania wczytaj uliniowienie z pliku .aln (AlignIO.read format “clustal”) oraz drzewo filogenetyczne z pliku .dnd (Phylo.read format=”newick”)
3. Wykorzystaj teraz program muscle (Bio.Align.Applications.MuscleCommandline) do wykonania multiuliniowienia tych samych sekwencji. Wczytaj je z pliku w formacie fasta
4. Stwórz drzewo filogenetyczne na podstawie uzyskanego uliniowienia metodą neighbor joining jak na poprzednich zajęciach. Porównaj to drzewo do drzewa otrzymanego z programu clustalw
5. Powtórz ćwiczenia 2-4 dla większego zbioru sekwencji (np. Human_PAH_homologs). Czy tutaj widoczne są większe różnice między metodami?
6(*). Napisz prostą implementację uliniowienia progresywnego, która wykorzystuje globalne uliniowienie z modułu Bio.pairwise2 i funkcje “callback”