Dziś zajmiemy się mapowaniem odczytów. Slajdy z wykłądu są tu
Spróbujemy powrócić do jednego z plików, które już przetwarzaliśmy: test1.fastq
Będziemy używać oprogramowania bowtie do mapowania odczytów do zadanego genomu.
1. Pobierz probram bowtie i sekwencje genomu i stworz dla niej pliki indeksu
2. Spróbuj zmapować przy użyciu bowtie i opcji -m 1 -v 0 (tylko unikalne mapowania bez niezgodności z sekwencją referencyjną).
3. Spróbuj różnych parametrów preprocessingu (flitrowanie trimowanie itp) aby zwiekszyc liczbe zmapowanych odczytow.
4. Zinstaluj przeglądarkę IGV i zwizualizuj zmapowane odczyty przy jej pomocy
5. Porównaj mapowania dokładne (z p. 3) do mapowań z domyślnymi parametrami.