Slajdy do wykładu dostępne są tu
Naszym celem jest analiza jakości odczytów w plikach dostępnych tu
Logujemy się do serwera galaxy pod adresem http://centromere:8080 i tam zakładamy dla siebie nową historię przetwarzania danych. Następnie wykonujemy analizę FASTQC i na podstawie jej wyników dokonujemy “czyszczenia” danych przy pomocy narzędzi do “przycinania” odczytów na podstawie ich jakości (TRIM), wycinania sekwencji adapterowych (CLIP), filtrowania odczytów o złej jakości (FILTER). Operacje powtarzamy do uzyskania akceptowalnych wyników, uważając przy tym, aby nie usunąć zbyt wiele.