UWAGA! Przenosimy termin zadania 1 o tydzień, na 29. kwietnia.
Dziś rozmawialiśmy o algorytmach przybliżonego wyszukiwania sekwencji w bazach danych. Slajdy są tu: wyk8
Na ćwiczeniach spróbujemy zająć się wykorzystaniem programu blast:
0. Wczytaj plik w formacie FastQ microbial_reads.fastq (jest już na naszym serwerze jupyter w katalogu WBO, nie trzeba go tam ładować), przy pomocy SeqIO.parse(). Są to odczyty z mikrobiomu jelitowego myszy.
1. Wybierz kilka losowych, dość długich sekwencji DNA i uruchom dla nich program BLAST online, obejrzyj wyniki (jeśli nic się nie “trafiło”, możesz wybrać inne, dłuższe sekwencje, np. powyżej 200 par zasad)
2. Wykonaj wyszukiwanie dla tych samych sekwencji przy pomocy interfejsu API biopython’a do blasta online (NCBIWWW) i parsera xml (NCBIXML). Pamiętaj o podaniu adresu e-mail:
>>> from Bio import Entrez >>> Entrez.email = "A.N.Other@example.com"
3. Znajdź, która z twoich wybranych sekwencji ma najistotniejsze trafienia do bazy NCBI
4. Przeanalizuj “trafioną” sekwencję. Czy to możliwe, aby ta sekwencja była dokładnie z tego organizmu, który był badany? Porównaj z wynikami algorytmu Smith’a-Waterman’a (localxx z pakietu Bio.pairwise2) porównania obu sekwencji.