Slajdy z dzisiejszego wykładu są tu: WBO9
Zadania na dziś:
1. Zapoznaj się z testem Fishera (np w pakiecie scipy fisher_exact) i metodą GSEA zaimplementowaną w Istytucie Broad’a
2. Zapoznaj się z formatami plików OBO i GAF z projektu gene ontology: opis formatów, przykładowy plik GAF, przykładowy plik OBO
3. Napisz prosty program, który testuje testem Fishera, wraz z poprawką Bonferroniego wzbogacenie funkcji GO w zadanym zbiorze genów.
4. Przetestuj to na połączonym zbiorze histonów i homologów PAH
5 (*). Zaimplementuj uproszczoną metodę GSEA na podstawie danych z suplementu do pracy o GSEA 06580SuppText
Praca domowa:
Napisz funkcję Go_enrichment z zadania 3 poszerzoną o przypisanie genów do terminów nadrzędnych (na podstawie relacji is_a, part_of z pliku OBO)