ONA – Zadanie zaliczeniowe 2 – operacje na plikach sgr

Naszym zadaniem będzie napisanie programu, który będzie przetwarzał strumienie danych genomicznych zapisane w plikach sgr . Są to bardzo proste pliki, które pozwalają opisywać zmienność parametru wzdłuż chromosomów. Każda linijka ma tylko 3 wartości:

chromosom pozycja wartość

Wartości są oddzielane znakiem tabluacji (“\t”), pozycja jest liczbą całkowitą dodatnią, a wartość jest liczbą zmiennoprzecinkową.

Zakładamy, że wartości pomiędzy punktami w pliku są odcinkami prostoliniowymi, co pozwala nam na podstawie pliku sgr, wyliczyć wartości dla wszystkich pozycji chromosomu.

Przykładowe pliki sgr dla dwóch sygnałów i dwóch filtrów są w pliku Zad2

Pliki te mogą być duże – np. większe niż dostępna pamięć, co oznacza, że nie możemy ich wczytać w całości do wektora.

Będziemy chcieli, żeby nasz program oferował następujące funkcje:

– Suma, różnica, iloczyn, iloraz – zwróć wynik operacji arytmetycznej na  dwóch sygnałach dla tych samych chromosomów. Zakładamy,  że na wejściu mamy dwa pliki, które opisują sygnał wzdłuż tych samych chromosomów, choć niekoniecznie w tych samych pozycjach. OPeracje są wykonywane “po pozycjach”. Zwracamy plik sgr, który opisuje funkcję wynikową (4 pkt)

– wygładzanie – przy pomocy średniej kroczącej o zadanej długości (w parach zasad), zwróć sygnał wygładzony (2 pkt)

– splot – Tym razem na wejściu bierzemy jeden plik sgr z sygnałem (wzdłuż chromosomów) i drugi plik sgr z wartościami funkcji filtra (np. filtr prostokątny, lub Gaussowski), wzdłuż sztucznego chromosomu o nazwie “filtr”. Wynikiem powinien być splot funkcji, czyli przefiltrowany sygnał 6  pkt)

– upraszczanie – dla zadanego pliku sgr wykryj, które punkty są niepotrzebne (tzn po ich usunięciu sygnał nie zmieni się) i zwróć sygnał pozbawiony tych linijek (3 pkt).

Rozwiązanie polega na napisani 7 funkcji, każda z nich powinna działać na 2 plikach (+ parametr szerokość dla wygładzania), wszystko w jednym pliku .py

Rozwiązania podpisane, z dopiskiem [ONA-2018-2] w temacie proszę wysyáć mailem do mnie, do 22. kwietnia 2018.