Dziś będziemy mówić o modelach ewolucji sekwencji.
Slajdy do wykładu są tu: wyk2.
Podczas labów mogą Państwo korzystać z serwera Jupyter, który ma zainstalowany pakiet biopython. (kilka porad jak używać jupyter’a tu )
Zadania do wykonania na dziś:
1. Obejrzyj moduł Bio.SubsMat.MatrixInfo, gdzie zdefiniowane są modele PAM i BLOSUM
2. Zaimplementuj prosty łańcuch Markowa, który pozwoli na symulowanie mutacji w czasie dyskretnym, zgodnie z macierzami przejścia zdefiniowanymi wykorzystując moduł SubsMat (substitution table). Rozważ model analogiczny do modelu Kimury i Felsensteina
3. Rozważ sekwencje z pliku fasta z poprzednich zajęć. Zbadaj ile mutacji losowych potrzeba aby Łańcuch Markowa “przeszedł” pomiędzy dwiema sekwencjami bez selekcji.
4. Zaimplementuj prosty proces Markowa z selekcją – jeśli mutacja zbliża nas do “celu” w sensie odległości Hamminga, to ją akceptuj, w przeciwnym razie wracaj do punktu wyjścia.