Month: March 2016

Symfonia grant meeting

Today we have a meeting of the Symfonia grant on An atlas of brain regulatory regions and regulatory networks – a novel systems biology approach to pathogenesis of selected neurological disorder. 

The meeting takes place at the Faculty of Mathematics, Informatics and Mechanics of University of Warsaw (Banacha 2, room 2180). The agenda is as follows:

10:45-11:15 – Coffee
11:00-11:15 – Introductory remarks – Bartek Wilczyński

11:15-12:15 – First session
11:15-11:30 – Karolina Stępniak – Methods to study open chromatin and epigenetics
11:30-12:15 – Bartosz Wojtaś, Michał J. Dąbrowski and Michał Dramiński
– DNA methylation studies

12:15-13:15 – lunch (room 4770)

13:15-14:15 – Second session
13:15-13:35 – Mateusz Garbulowski and Jan Komorowski –  Visunet and
preliminary interaction analysis of the problem presented by the trio
above.
13:35-13:55 – Andrzej Polanski  – Coalescence modeling of tumor growth
and estimating age of driver mutations
13:55-14:15 – Jan Komorowski – Combinatorial identification of DNA
methylation patterns over age in the human brain

14:15- 14:45 Coffee

14:45 – 15:45 – Third session
14:45 – 15:15 – Bartek Wilczyński  – Research plans for the MIMUW group
15:15 – 15:45 – Ewa Szczurek – Predicting synthetic lethality in
cancer from tumor genomic data

15:45 – 16:45 – Open discussion

ONA 3 – wykresy i matplotlib

Dzisiaj zajmujemy się wykresami.

Slajdy są tu ONA3-wykresy

Zadania na dziś:

1. Narysuj wykres podobny do tego ze slajdu nr. 14  z wykładu. Uwzględnij opisy osi, zakresy wartości, kolory, znaczniki wartości, legendę i tytuły osi oraz wykresów.

2. Narysuj wykres 10*sin(x)+normal(0,1) dla 1000 punktów w zakresie 0,10. Przyda się funkcja normal().

3. Napisz program, który wykona 1000 prób rzutu 10 kostkami. Narysuj na jednym wykresie 3 przenikające się histogramy (alpha=0.25): suma oczek na kościach parzystych (0,2,4,6,8), suma oczek na kościach nieparzystych (1,3,5,7,9), suma oczek na wszystkich kościach. Może przydać się funkcja randint().

4. Przedstaw dane z wykresu 3. w postaci 3 wykresów pudełkowych (boxplot)

5. Narysuj powierzchnię 3d (x,y,z) in linspace(0,1,100) gdzie z=y*cos(x)+(1-y)*sin(x), Może być przydatny ten przykład

5. Narysuj mapę ciepła dla tej samej powierzchni. Użyj różnych map kolorów.

 

ONA 2 – Numpy

Slajdy do wykładu są tu: ONA2-Macierze

Ćwiczenia:

  1. Stwórz macierze A i B o wymiarach  1000×1000 zawierające wartości A[i,j]==i*3-j*5 i [i,j]==np.sqrt(A[i,j]) (Zauważ, że to wymaga wartości urojonych, a więc macierzy typu complex64 i wartość sqrt(-1) ->.j)
  2. Napisz funkcję poz(indeksy, shape), która dla zadanej krotki indeksów zwraca liniową pozycję elementu o zadanych indeksach w wielowymiarowaj macierzy o kształcie shape.
  3. Korzystając z broadcastingu i mnożenia macierzy zmień znak elementów w macierzy B, których suma indeksów jest nieparzysta
  4. korzystając z sortowania , posortuj macierz 3-wymiarową wg. drugiej współrzędnej i obejrzyj wynik.
  5. Korzystając z funkcji frompyfunc() napisz funkcje wektorowe, które liczą a) sumę kwadratów dwóch macierzy  (dwie macierze do jednej)
    b) iloraz i resztę z dzielenia całkowitoliczbowego przez 17 (jedna macierz wejściowa i dwie macierze wyjściowe)
  6. Korzystając z modułu time, porównaj prędkość funkcji liczących N potęg dwójki – na liście i w wektorze. Dla jakich wartości N warto używać macierzy?