Będziemy rozpatrywać dane hipotetycznych pacjentów pobrane z mojej strony www.
Mamy tam wielu pacjentów, i dla każdego pomierzone różne zmienne. W szczególności badano obecność 100 mutacji. Każda mutacja występuje lub nie u każdego z pacjentów. Zakładamy, że ich występowanie jest wzajemnie niezależne od siebie. Mamy pomiary ilościowe wagi, wzrostu i ciśnienia tętniczego (skurczowego i rozkurczowego). Severity – to dolegliwość badanej choroby: jeśli =0 to pacjent zdrowy, jeśli severity >0, to jest to ilościowa miara dokuczliwości choroby.
Interesuje nas, które z mutacji i które z mierzonych parametrów mogą mieć wpływ na badaną chorobę. W przypadku mutacji wpływ może być jakościowy (posiadanie mutacji zwiększa zapadalność na chorobę) albo ilościowy (jeśli pacjent jest chory i posiada mutację, to dokuczliwość choroby jest inna niż w przypadku braku mutacji). W przypadku parametrów ilościowych podobnie. Np. pacjenci o wyższym wzroście mogą częściej zapadać na chorobę albo mieć inną jej dolegliwość niż pacjenci o niższym wzroście.
1. Znajdź mutacje odpowiadające za powstawanie choroby i wpływające na stopień dolegliwości. Oszacuj statystyczną istotność (p) i współczynnik błędów I rodzaju (FDR).
2. Czy choroba zależy od ilościowych wskaźników (wzrost, waga, cisnienie)? Sprawdź które zmienne mogą mieć związek z występowaniem choroby. Spróbuj określić model liniowy dokuczliwości choroby oparty o dane pacjentów nie zawierający zmiennych nie wpływających na wynik.
Każdy wybiera sobie jeden zbiór danych i zapisuje swój wybór w Doodle. Analizujemy dane najlepiej jak umiemy i odsyłamy skrypt w R użyty do analizy i krótki raport z opisem analizy i wyciągniętymi wnioskami. Odpowiedzi wysyłamy na adres e-mail wykładowcy z dopiskiem [SAD-1-2015] w temacie.
Termin: do 30. kwietnia 2015.