Zadanie zaliczeniowe

Termin: 20.01.2015

Zadanie polega na analizie danych z eksperymentów ChIP-seq pewnej modyfikacji histonów oraz pewnego białka u muszki owocowej Drosophila melanogaster, w kontekście różnicowej eksprecji genów w różnych tkankach.

Pod adresem znajdują się dane do analizy:

• plik z adnotacją genomu dme3: dm3_genes.gtf
  Genom w odpowiedniej wersji (dm3) znajduje się tu.
• kontrola dla eksperymentów ChIP-seq (plik input.txt.gz)
• wyniki różnicowej analizy ekspresji genów w tkankach Elav i Repo wykonanej przy użyciu programu DEseq (plik DEseq.txt)
• dla każdej osoby zapisanej na przedmiot indywidualny folder (oznaczony numerem indeksu) zawierający: wyniki eksperymentu ChIP-seq dla pewnej modyfikacji histonów (plik A.txt.gz), oraz dla pewnego innego białka (plik B.txt.gz). Obie próbki dotyczą tej samej tkanki.

Uwaga: jeśli czyjegoś numeru indeksu brak, lub ma problem z danymi (plik jest uszkodzony itp.) lub ma pytania dotyczące treści, prosimy zgłaszać je możliwie szybko na adres:
j.herman-izycka@mimuw.edu.pl

Pytania:

0. Wykonaj preprocessing danych z sekwencjonowania (analiza jakości, filtrowanie, mapowanie)
1. Zbadaj czy modyfikacja histonów A i białko B mają preferencje co do miejsca występowania w regionach genów (np. na 5′ lub 3′ końcu genów)?
2. Czy w obszarach genowych występowanie białka B i modyfikacji A są skorelowane?
3. Czy geny, na których znajduje się białko B wykazują różnicową ekspresję między tkankami Elav i Repo?

Jako rozwiązanie należy wysłać raport pod adres bartek@mimuw.edu.pl, a następnie omówić go osobiście. Raport powinien zawierać odpowiedzi na pytania wraz z uzasadnieniem, krótki opis wykonanych kroków (użyte programy, istotne parametry, metody, podsumowanie wyników). Można, a nawet należy zamieścić wykresy.