Slajdy są dostępne tu (N. Dojer), oraz tu (J. Korbel) i tu (J. Aerts)
dziś na zajęciach obejrzymy sobie pliki z wykrytymi wariantami przez projekt 1000 genomów. Pliki są w formacie VCF
Możemy wybrać sobie chromosom i spróbować zwizualizowac plik w IGV (raczej nie zadziała w labie).
Lepiej będzie spróbować znaleźć translokacje, insercje i delecje (BND,INS,DEL) i zwizualizować je w CIRCOS (circos działa na komputerze adela, konto tsg2)
1. Dla zadanego chromosomu stwórz ścieżki z wystąpieniami insercji (słupki) delecji (heatmap) na podstawie danych z pliku vcf
2. dla zadanej pary chromosomów pokaż translokacje między nimi opisane w pliku cancer_breakpoints.txt na koncie użytkownika tsg2 na komputerze adela.
Mogą się przydać lekcje circos