WBO 8 – BLAST

UWAGA! Przenosimy termin zadania 1 o tydzień, na 29. kwietnia.

Dziś rozmawialiśmy o algorytmach przybliżonego wyszukiwania sekwencji w bazach danych. Slajdy są tu: wyk8

Na ćwiczeniach spróbujemy zająć się wykorzystaniem programu blast:

0. Wczytaj plik w formacie FastQ microbial_reads.fastq (jest już na naszym serwerze jupyter w katalogu WBO, nie trzeba go tam ładować), przy pomocy SeqIO.parse(). Są to odczyty z mikrobiomu jelitowego myszy.

Continue reading “WBO 8 – BLAST”

WBO 7 – Profile reprezentowane przez HMM, domeny białkowe

Dzisiaj mówiliśmy o zastosowaniach HMM do reprezentacji profilów uliniowień oraz wyszukiwania genów.

Slajdy są tu: wyk7

W ramach ćwiczeń, warto jest zapoznać się z bazą PFAM  i możliwością wyszukiwania profilów domen przy pomocy programu HMMER. Mieliśmy też wykorzystać moduł HmmerIO, ale niestety nie działa on po niedawnych zmianach formatu HMMER.

Continue reading “WBO 7 – Profile reprezentowane przez HMM, domeny białkowe”

WBO 5 – Uliniowienie wielu sekwencji

Dzisiaj mówiliśmy o metodach uliniowienia wielu sekwencji. Slajdy są tu:wyk5

Na zajęciach naszym celem jest zapoznanie się z metodami uliniowienia wielu sekwencji w pakiecie Biopython oraz metodami uliniowienia progresywnego. Warto przeczytać odpowiedni rozdział tutorialu biopythona

0. Tutaj warto, aby każdy z Państwa korzystających z serwera jupyter, założył sobie na serwerze Jupyter własny folder, żeby pliki nam się nie mieszały. Proponuję numer indeksu, albo inny identyfikator jednoznaczny. Continue reading “WBO 5 – Uliniowienie wielu sekwencji”